Tolna megye múzeuma, 1895-ös megalakulásától kezdve jogilag önálló és folyamatosan működő intézmény. Története és gyűjteményeinek sorsa összefonódik a város, a megye és az ország történetével. Volt idő, amikor Wosinsky Mór, a „vasakaratú” akadémikus irányította, volt, amikor össze akarták olvasztani a levéltárral. A második világháború viharai a Tolna megyei gyűjteményeket sem hagyták érintetlenül. A háború pusztítása után 1949-ben államosították az intézményt és csak 1963-ban került a megyei tanács fenntartásába. Ezt a változást egy tudományos szempontból fellendülő időszak követte. A rendszerváltást követően az anyagi lehetőségek szűkülése éreztette hatását. 2012. január 1-jétől a megyék konszolidációja kapcsán új fenntartója az Állam képviseletében a Megyei Kormányhivatal alá tartozó Tolna Megyei Intézményfenntartó Központ lett. Újabb törvénymódosítást követően 2013. január 1-jével fenntartója Szekszárd Megyei Jogú Város Önkormányzat. A megyei múzeumi szervezetek megszüntetésével ugyanekkor csatolták el az intézménytől 37 év után a simontornyai várat.

A nehézségek ellenére büszkén mondhatjuk el, hogy az elmúlt több, mint 100 esztendőben a megyei múzeum adattári és tárgyi anyaga gyarapodott és kitűnő szakemberek fordultak meg falai között, szolgálva mindahányan a múlt kutatásának, a helyi tárgyi és szellemi kultúra, valamint a helytörténet feltárásának és a múlt megőrzésének ügyét. Ez az intézmény alapításától kezdve megfelelt a múzeumok hármas alapfunkciójának, melyet a gyűjtés – megőrzés – bemutatás hármasságával foglalhatunk össze.

A Wosinsky Mór Megyei Múzeum az ország 19 megyei hatókörű városi múzeumának egyikeként megfelel az 1997. évi a muzeális intézményekről, a nyilvános könyvtári ellátásról és a közművelődésről szóló CXL. törvény 45. § – ában foglalt a megyei múzeumokkal szemben támasztott kritériumoknak. A fenti jogszabály szerint a megyei múzeumoknak legalább öt gyűjteményt – régészet, néprajz, történelem, képzőművészet és még egy választott szakág – kell kötelezően fenntartaniuk. A négy alapgyűjtemény megyénk esetében kiegészül még további hárommal, ezek: a numizmatika, az iparművészet és az irodalomtörténet. Egyetlen egy Wosinsky idején létező gyűjteményt kellett az intézmény története során felszámolni, szakember és szakpreparátor híján, a természettudományi gyűjteményt. Alábbiakban az öt legjelentősebb gyűjteményünket mutatjuk be részletesen: